Čistý prostor má v provozních místnostech kvalifikaci D, obdobné platí i pro materiálové a personální propusti.
Kontrola čistého prostoru je zabezpečena každodenním záznamem vnitřního přetlaku na určených mikromanometrech. Dále je zde v pravidelných intervalech prováděno monitorování počtu částic, výměny vzduchu, přetlaků a hodnocení mikrobiologické čistoty.